Využití chloroplastové DNA pro předběžné hodnocení variability bazalky pravé (Ocimum basilicum L.) jako podklad pro vývoj autentizačních metod

Jungová M., Sovová T., Drábková L., Svoboda P., Leišová-Svobodová L.

Národní centrum zemědělského a potravinářského výzkumu, v. v. i., Drnovská 507/73, 161 00 Praha 6 – Ruzyně

Úvod

Falšování bylinných produktů představuje významný problém z hlediska kvality potravin a ochrany spotřebitele. U sušených a drcených bylin bývají morfologické znaky potřebné pro spolehlivou druhovou identifikaci ztraceny, a proto jsou vhodným doplňkem molekulární metody založené na DNA. Před návrhem druhově specifické diagnostické metody je nutné ověřit, zda je zvolená cílová oblast dostatečně konzervovaná v rámci cílového druhu a současně odlišná od potenciálních příměsí.

Cíl

Cílem práce bylo předběžně posoudit využitelnost chloroplastového úseku rpl32F–trnL pro hodnocení sekvenční konzervovanosti a variability bazalky pravé (Ocimum basilicum L.) a ověřit jeho potenciál jako podkladu pro vývoj molekulárních autentizačních metod.

Metody

Byly analyzovány vzorky bazalky pravé a vybrané srovnávací bylinné taxony, zejména oregano, rozmarýn, bukvice a andělika. Genomická DNA byla izolována z rostlinného materiálu a v rámci prvotního screeningu bylo testováno devět chloroplastových primerových párů. Pro detailní hodnocení byl vybrán úsek rpl32F–trnL. PCR produkty byly přečištěny a sekvenovány Sangerovou metodou na genetickém analyzátoru ABI PRISM 3500. Získané sekvence byly zkontrolovány, zarovnány a porovnány mezi vzorky; taxonomická identita byla ověřena pomocí BLAST analýzy a na základě sekvencí byl vytvořen dendrogram.

Obr. 1. Ukázka sekvenačního chromatogramu vybraného úseku markeru rpl32F–trnL.

Výsledky

Úsek rpl32F–trnL poskytl použitelné PCR produkty a čitelné sekvenační záznamy. V kvalitně čitelné části markeru nebyly u analyzovaných vzorků bazalky zjištěny spolehlivé vnitrodruhové polymorfismy, což ukazuje na vysokou konzervovanost sledované oblasti. Naproti tomu srovnávací taxony se od bazalkových sekvencí lišily substitucemi a indelovými oblastmi. Dendrogram oddělil všechny analyzované vzorky bazalky do samostatného klastru, zatímco oregano, rozmarýn, bukvice a zejména andělika byly od tohoto klastru odlišeny. Výsledky naznačují, že rpl32F–trnL představuje vhodnou kandidátní oblast pro další hledání diagnostických pozic a následný vývoj cílených metod autentizace bylinných produktů. Výsledky je však třeba ověřit na širším souboru vzorků a potenciálních příměsí.

Obr. 2. Dendrogram analyzovaných vzorků bazalky pravé a vybraných srovnávacích bylinných taxonů podle sekvencí rpl32F–trnL.

Poděkování

Výsledek vznikl za podpory Ministerstva zemědělství v rámci projektu NAZV č. QL26020204 a institucionální podpory MZE-RO0426.